GANPI: Gran Asamblea Nacional de pueblos indígenas: es la máxima instancia de la Confederación, se reúne cada 4 años. Toma decisiones sobre lineamientos estratégicos, evalúa la gestión de la dirección nacional y elige a los miembros de la nueva directiva. En ella participan representantes de los niveles regional, pueblos e intercomunal.

ACNPI: Asamblea Consultiva Nacional de Pueblos Indígenas: se reúne dos veces por año. Evalúa y planifica las actividades anuales. Participa el Directorio Nacional y los directorios de las organizaciones regionales.

CNPI: Comisión Nacional de Pueblos Indígenas: conformada por el Directorio Nacional y los presidentes de las once organizaciones regionales. Evalúan los avances y dan líneas de trabajo periódicamente (cada 3 meses). Esta instancia es la responsable del cumplimiento del Plan estratégico anual.

DN: Directorio Nacional: Elegido por la GANPI, es el organismo ejecutivo de dirección.
Para los niveles regionales hay un sistema similar de toma de decisiones. En los niveles de pueblos y comunidades se respetan las normas y autoridades propias de cada pueblo indígena.