Para poner en marcha la gestión de un territorio, la organización indígena debe seguir cinco pasos que son: Decisión, diagnóstico-autodiagnóstico, planificación, reglamentación y ejecución en sí de la gestión

Paso 1 Decisión. En esta fase la organización indígena debe tomar la decisión de iniciar la gestión de su territorio. También puede solicitar apoyo a otras organizaciones e instituciones para lograr su objetivo.

Paso 2 Diagnóstico. Para el inicio de la GTI debemos partir del conocimiento sobre la situación en la que se encuentra nuestro territorio, tomando en cuenta todas las líneas de acción. En esta fase articulamos la información del diagnóstico técnico, con los resultados de un diagnóstico interno. Estos datos deben ser analizados y discutidos colectivamente por los miembros de la organización indígena

Paso 3 Planificación. Se basa en el autodiagnóstico; ¿cómo lo haremos y los instrumentos que utilizaremos? depende de la cultura de cada pueblo; porque es el pueblo quién lo ejecuta, hace el seguimiento y evalúa su gestión.

Paso 4 Reglamento. Es la organización quién define un marco regulatorio que reglamente la gestión del territorio, partiendo de las normas tradiciones de cada pueblo y considerando los estatutos y reglamentos actuales e incluyendo los nuevos elementos relacionados con el manejo que antes no existían.

Paso 5 Gestión en sí. Es la fase en que la gestión se encamina hacia su funcionamiento óptimo, tras haber cumplido los anteriores pasos.Desde este momento la organización indígena busca los siguientes resultados:

- El fortalecimiento organizativo

- La ejecución de los planes

- El uso y aplicación de los reglamentos

- La aplicación de un sistema normativo

- La elaboración y ejecución de proyectos integrales; y

- Fortalecer la capacidad de relacionamiento.