Al ser la gestión del territorio el ejercicio de la autodeterminación; los niveles de gestión se constituyen en definir de manera libre y democrática dentro la organización indígena, a los actores directos que toman la responsabilidad de llevar adelante la gestión. Con este fin se consideran cuatro principales niveles de gestión que van desde el familiar, el comunal, zonal o intercomunal y de TCO.

Por tanto las acciones desarrolladas en un territorio dependen del tipo de organización que tengan; es decir, cada organización indígena dueña de la TCO, define los niveles de gestión (comunal, zonal, intercomunal y de TCO) y las líneas de acción o temas en que se hace gestión (educación, salud, economía, producción, recursos naturales, control territorial, servicios básicos). Además se considera los procesos o herramientas que viabilizan la gestión (planificación, reglamentos, sistema administrativo, capacitación, relacionamiento y proyectos).