La primera fase del programa piloto de gestión territorial indígena, fue implementada en las TCO´s Guarayo, Lomerio y Moseten. Las dos primeras en el departamento de Santa Cruz y la última en el norte de La Paz.
Las tres TCOs se encuentran en contextos socioterritoriales con características por lo más singulares. En el caso de la organización CICOL (TCO de lomerio); la demanda de su territorio superaba los límites jurisdiccionales del municipio de Lomerio y toda la población es de la cultura mokox chiquitano. El caso de la COPNAG, comprendía una superficie por titular de más de un millón de hectáreas, una cantidad aproximada de 12.000 habitantes pertenecientes al pueblo guarayo. El caso de de OPIM, la TCO lo habitan los pueblos moseten y trinitario, se encuentra distribuida en tres departamentos, seis provincias y similar número de municipios, siendo una de las particularidades que el territorio es discontinuo.
La segunda fase del programa piloto de gestión territorial indígena, además de las TCO´s Lomerio y Moseten, se incluyeron a las TCO`s Cavineño, Chacobo Pacahuara, Machareti y Yuracaré.
Las TCOs Chacobo-Pacahuara y Cavineño ubicadas en la amazonía boliviana, cuentan con muy poco apoyo de instituciones gubernamentales y no gubernamentales, en comparación a las tres primeras, originando un contexto diferente.
La TCO Machareti puede expresar claramente la situación de las comunidades guaraní, al tener un territorio discontinuo y en menor proporción en comparación al resto de las TCOs. Otra singularidad es el relacionamiento que tiene la organización indígena con empresas privadas (petroleras) las que operan a través de convenios establecidos.
Producto de la decisión asumida por la directiva de la CIDOB el año 2007, en reemplazo de la organización COPNAG ingresa al componente de GTI el Consejo Yuracaré CONIYURA, la cual cuenta con una experiencia de gestión integral desde el año 2005.